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大学设有三大学系，分别是：人文与社会科系（ Faculty of Humanities and Social Sciences ）、医科和牙科系（ Faculty of Medicine and Dentistry ），以及科学和工程学系（ Faculty of Science and Engineering ）。
人文与社会科系（ Faculty of Humanities and Social Sciences ）设有：
商业管理学院（ School of Business and Management ）
经济金融学院（ School of Economics and Finance ）
英语与戏剧学院（ School of English and Drama ）
语言、语言学及电影学院（ School of Languages, Linguistics and Film ）
全球莎士比亚资料库（ Global Shakespeare ）（与华威大学合作）
地理学学院（ School of Geography ）
历史学学院（ School of History ）
法学院（ School of Law ）
政治和国际关系学院（ School of Politics and International Relations ）
医科和牙科系（ Faculty of Medicine and Dentistry ）设有：
巴茨和伦敦医学及牙科学校（ Barts and The London School of Medicine and Dentistry ）
巴茨癌症研究所（ Barts Cancer Institute ）
布利扎德机构（ The Blizard Institute ）
牙科研究所（ Institute of Dentistry ）
健康科学教育研究所（ Institute of Health Sciences Education ）
威廉哈威研究机构（ William Harvey Research Institute ）
沃尔福森预防医学研究所（ Wolfson Institute of Preventive Medicine ）
细胞中心（ The Centre of the Cell ）
科学和工程学系（ Faculty of Science and Engineering ）设有：
生物及化学科学学院（ School of Biological and Chemical Sciences ）
电子工程学和计算机科学学院（ School of Electronic Engineering and Computer Science ）
工程和材料学学院（ School of Engineering and Materials Science ）
数学科学学院（ School of Mathematical Sciences ）
物理学和天文学学院（ School of Physics and Astronomy ）
生物工程研究所（ Institute of Bioengineering ）
材料研究所（ MRI, Materials Research Institute ）
大家可以去查看每个学院下面的专业分支。在 The Guardian 发布的 2018 世界大学排名中，伦敦玛丽王后大学有四个强势专业跻身全英前十，分别是：
位居第 2 名的牙科（ Dentistry ）
位居第 9 名的材料与矿物工程（ Engineering: Materials & Mineral ）
位居第 3 名的法律（ Law ）
位居第 3 名的医药学（ Medicine ）
